W projekcie ustawy określono jasne i precyzyjne kryteria, które będą uwzględniane przy kwalifikowaniu świadczeń jako tzw. gwarantowanych. Dla pacjentów wykaz świadczeń gwarantowanych będzie źródłem informacji o tym, jakie świadczenia będą finansowane w ramach obowiązkowego ubezpieczenia zdrowotnego lub, za które będą musieli częściowo zapłacić. Minister zdrowia ma określić w rozporządzeniu, jaka część świadczenia będzie finansowana ze środków publicznych, a jaka przez pacjenta. Zakwalifikowanie danego świadczenia do koszyka świadczeń zdrowotnych będzie oznaczało jego finansowanie w całości albo w części ze środków publicznych. Postępowaniem w sprawach kwalifikowania świadczeń zdrowotnych gwarantowanych będzie zajmowała się Agencja Oceny Technologii Medycznych na polecenie ministra zdrowia. Podejmowane przez nią decyzje będą poprzedzane opinią konsultantów krajowych z danej dziedziny medycyny, prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia i Rady Konsultacyjnej. Dopiero po uzyskaniu tych wszystkich rekomendacji minister zdrowia wyda rozporządzenia, w których określi wykaz świadczeń gwarantowanych wraz z poziomem lub sposobem ich finansowania lub warunkami realizacji.
Nowe zaprojektowane przepisy określają także sposób postępowania w sprawie usunięcia świadczenia z wykazu świadczeń gwarantowanych lub zmiany warunków kwalifikacji, czyli poziomu lub sposobu finansowania. W tych przypadkach Agencja Oceny Technologii Medycznych będzie musiała przygotować raport, w którym znajdzie się szczegółowy opis uzasadniający podjęcie decyzji o usunięciu świadczenia z wykazu. Wnioski w sprawie usunięcia mogą składać do ministra zdrowia konsultanci krajowi, prezes NFZ oraz stowarzyszenia i fundacje działające na rzecz ochrony praw pacjenta. Ostateczna rekomendacja prezesa Agencji będzie poprzedzona opinią Rady Konsultacyjnej. Taki wielostopniowy układ ma gwarantować lepszą ochronę pacjenta i zabezpieczać przed niekorzystnymi zmianami zasad finansowania opieki zdrowotnej. Zgodnie z projektem ustawy, zmiany w wykazie świadczeń gwarantowanych będą mogły być wprowadzane tylko raz w roku.
W projekcie ustawy zmieniono ponadto przepisy dotyczące świadczeń wysokospecjalistycznych. Będą one świadczeniami gwarantowanymi, finansowanymi z części budżetu państwa, której dysponentem jest minister zdrowia. Określono tryb przekazywania środków publicznych na te świadczenia oraz sposób ustalania ceny za ich wykonanie. Podstawą do ich wykonania ma być umowa zawarta ze świadczeniodawcą. Ceny świadczeń będą ustalane w wyniku negocjacji. Minister zdrowia dokona wyboru świadczeniodawców w drodze konkursu ofert.
Projekt przewiduje także zmianę struktury organizacyjnej i statusu Agencji. Instytucja ta uzyska osobowość prawną, dzięki czemu będzie mogła swobodnie występować we własnym imieniu i na własny rachunek, posiadając odrębny majątek. Nadzór nad Agencją sprawować będzie minister zdrowia.
