Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale z dnia 24 czerwca 2013r. zwrócił uwagę, że cechą charakterystyczną jednostek budżetowych jest to, że nie mają one własnego mienia i dysponują jedynie wyodrębnioną i przekazaną w zarząd częścią majątku jednostki samorządu terytorialnego, która jest wyposażona w osobowość prawną. Jednostka budżetowa mimo wyodrębnienia organizacyjnego, nie prowadzi działalności gospodarczej niezależnie od gminy. Wszystkie czynności wykonywane na podstawie umów cywilnoprawnych, które mogą być opodatkowane VAT jednostka wykonuje w imieniu i na rzecz gminy, w ramach limitu środków przyznanych na dany rok w uchwale budżetowej.
NSA podkreślił również odrębność samorządowych jednostek budżetowych w zakresie podmiotowości na gruncie podatku VAT od samorządowych zakładów budżetowych, oraz spółek prawa handlowego. Nie zostało to wskazane wprost, ale wydaje się, że NSA dopuścił możliwość funkcjonowania samorządowego zakładu budżetowego jako podatnika VAT (w takiej formie działają np. zakłady działalności komunalnej).
Dotychczas gminne jednostki budżetowe (np. szkoły, przedszkola, żłobki, ośrodki sportu i rekreacji) na sprzedawane przez siebie usługi wystawiały faktury VAT, bo zgodnie z interpretacjami organów podatkowych były uznawane i rejestrowane jako podatnicy podatku od towarów i usług.
Uchwała NSA uznała taką praktykę za nieprawidłową. W konsekwencji, aktualnie na fakturze dokumentującej wynajęcie np. sali gimnastycznej przez szkołę powinny znaleźć się dane miasta (lub gminy), bo to ono będzie faktycznym podatnikiem.
Nieprawidłowe będzie też wystawianie faktur VAT przez przedsiębiorców na gminne jednostki budżetowe. Przykładowo, faktura za dostawę sprzętu sportowego, lub na wykonanie remontu szkoły powinna zostać wystawiona na miasto (gminę) a nie na szkołę.
Po raz kolejny mamy do czynienia z daleko idącymi konsekwencjami dla podatników, w związku ze zmianą linii interpretacyjnej. Nie zmieniły się przepisy podatkowe, a mimo to dotychczasowe rozliczenia w związku z uchwałą NSA mogą zostać zakwestionowane przez organy podatkowe.
Podatnikom pozostaje liczyć na to, że w związku z licznymi wątpliwościami powstałymi na skutek uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego – stanowisko zajmie Minister Finansów. Niewątpliwie zaistniały bowiem przesłanki wydania interpretacji ogólnej. W przeszłości takie interpretacje były już wydawane kiedy pojawiały się ważne orzeczenia w zakresie stosowania przepisów podatkowych.
