Zważywszy na fakt, że dla przeważającej części publicznych zakładów opieki zdrowotnej podmiotem, który utworzył zakład jest jednostka samorządu terytorialnego, regulacja będzie dotyczyć tych jednostek. Potrzeba opracowania tego projektu wynika z konieczności wzmocnienia wpływu organu założycielskiego na zmianę wierzyciela zobowiązań publicznego zakładu opieki zdrowotnej. Dodatkowo przepisy projektu spowodują ograniczenie wtórnego obrotu wierzytelnościami, co niejednokrotnie wiązało się z dodatkowymi kosztami dla zakładów opieki zdrowotnej.
Projekt zawiera także zmiany dotyczące uzyskiwania środków finansowych na realizację programów lub projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej oraz niepodlegających zwrotowi środków z pomocy udzielanej przez państwa członkowskie Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu (EFTA) oraz innych środków pochodzących ze źródeł zagranicznych niepodlegających zwrotowi. Potrzeba zmian wynika z konieczności doprecyzowania przepisów oraz ich dostosowania do brzmienia przepisów ustawy z dnia 30 czerwca 2005 r. o finansach publicznych (Dz. U. Nr 249, poz. 2104 z późn. zm.).
Dodatkowo stworzona zostanie podstawa prawna do przekazywania środków finansowych w ramach realizacji programów wieloletnich, co czyni zadość zaleceniom Najwyższej Izby Kontroli. Zgodnie z przepisami projektu możliwe będzie przekazywanie dotacji także jednostkom badawczo – rozwojowym, będącym publicznymi zakładami opieki zdrowotnej. Wynika to ze znaczącej roli, jaką pełnią te podmioty w systemie ochrony zdrowia. Projekt zakłada tez uchylenie przepisów, które dotyczą zobowiązań kierownika samodzielnego publicznego zakładu opieki zdrowotnej do przeznaczenia nie mniej niż 40% kwoty, o którą wzrosło zobowiązanie Narodowego Funduszu Zdrowia, na wzrost wynagrodzeń osób zatrudnionych zakładzie, jako ograniczających swobodę zarządzania zakładem.
Projekt zawiera przepis przejściowy dotyczący sytuacji, gdy przed dniem wejścia w życie ustawy nastąpi wzrost kwoty zobowiązania Narodowego Funduszu Zdrowia w stosunku do poprzedniej umowy o udzielanie świadczeń opieki zdrowotnej, jednakże środki, które zgodnie z dotychczas obowiązującymi przepisami powinny zostać przeznaczone na wynagrodzenia, zostaną wypłacone po tym dniu. Regulacja nie jest objęta prawem Unii Europejskiej.
