Nadzór nad ekshumacją sprawuje właściwy powiatowy lub portowy inspektor sanitarny. O ekshumacji należy też zawiadomić na piśmie zarząd cmentarza. Ekshumacja zwłok i szczątków jest dopuszczalna w okresie od 16 października do 15 kwietnia, z tym że właściwy powiatowy lub portowy inspektor sanitarny może dopuścić wykonanie ekshumacji w innym czasie, przy zachowaniu ustalonych przez niego środków ostrożności. Ekshumację przeprowadza się we wczesnych godzinach rannych.Prokurator może zarządzić ekshumację, gdy w jego ocenie zwłoki trzeba poddać oględzinom lub przeprowadzić ich sekcję. W praktyce śledczej zdarza się, że zachodzi konieczność wyjęcia zwłok z grobu. W toku postępowania karnego, w zależności od stadium postępowania, postanowienie w tym zakresie może wydać tylko sąd lub prokurator. Normatywną podstawą jest tu art. 210 k.p.k., który stanowi, że wyłącznym celem ekshumacji mogą być oględziny zwłok lub ich otwarcie. Nie jest w tym przypadku wymagana zgoda (ewentualnie brak sprzeciwu) innych osób, np. krewnych zmarłego. Przeprowadzenie oględzin może być podyktowane np. koniecznością dokonania (ponownej) identyfikacji zwłok przez członków rodziny. Z kolei otwarcie zwłok, czyli ich sekcja, może być spowodowane np. ujawnieniem się nowych okoliczności dotyczących śmierci, wskazujących na podejrzenie, że została ona spowodowana w sposób przestępczy (zob. art. 209 § 1 k.p.k.). Niezależnie od tego jaki cel determinował decyzję o ekshumacji, w każdym przypadku czynność tę dokumentuje się protokolarnie (zob. art. 143 § 1 pkt 4 k.p.k.).
Przepisy k.p.k., ani wydane na jego podstawie akty wykonawcze, w żaden sposób nie określają sposobu przeprowadzania ekshumacji. Kwestie te reguluje ustawa z dnia 31 stycznia 1959 r. o cmentarzach i chowaniu zmarłych (Dz.U. z 2011 r., nr 118, poz. 687 ze zm.) oraz wydane na podstawie jej art. 20 ust. 3 rozporządzenie Ministra Zdrowia z dnia 7 grudnia 2001 r. w sprawie postępowania ze zwłokami i szczątkami ludzkimi (Dz.U. nr 153, poz. 1783 ze zm.).
Zwłoki ekshumowane przed upływem okresu mineralizacji wydobywa się wraz z trumną, którą bez otwierania umieszcza się, na czas przewozu na obszarze państwa, w skrzyni szczelnie wybitej blachą. Na miejscu ponownego pochowania trumnę wydobywa się ze skrzyni i chowa się bezzwłocznie na cmentarzu bez jej otwierania (§ 12 rozporządzenia Ministra Zdrowia z dnia 7 grudnia 2001 r. w sprawie postępowania ze zwłokami i szczątkami ludzkimi – zwanego dalej rozporządzeniem).
W przypadku ekshumacji wykonywanej po upływie okresu mineralizacji wydobyte szczątki wraz z resztkami trumny umieszcza się w nowej trumnie. Trumnę zamyka się w obecności powiatowego lub portowego inspektora sanitarnego, który następnie dokonuje jej opieczętowania. Trumnę umieszcza się na czas przewozu w szczelnie zamkniętym worku z nieprzepuszczalnego tworzywa sztucznego, odpornego na uszkodzenia mechaniczne. Po dostarczeniu trumny na miejsce przeznaczenia worek zdejmuje się i spala. Po przewiezieniu zwłok na miejsce przeznaczenia zwłoki chowa się niezwłocznie bez otwierania trumny (§ 12 rozporządzenia i § 11 w związku z § 12 rozporządzenia).
Powszechnie przyjmuje się, że proces rozkładu zwłok kończy się przeciętnie po upływie 10 lat, w glebie gliniastej i mokrej całkowita mineralizacja zwłok przedłuża się do 20-30 lat.
Oprócz ekshumacji związanej z prowadzonym postępowaniem karnym wyróżnia się tzw. ekshumację prywatną (na umotywowaną prośbę członków rodziny) oraz sanitarną (w razie zajęcia terenu cmentarza na inny cel). Prokurator i sąd mają szerokie uprawnienia, ponieważ mogą zarządzić ekshumację zwłok osób zmarłych na choroby zakaźne także przed upływem 2 lat od dnia zgonu (art. 15 ust. 2 ustawy o cmentarzach i chowaniu zmarłych).
Należy pamiętać, że ekshumacja jest w doktrynie prawa karnego określana mianem tzw. czynności niepowtarzalnej. Zaliczenie jej do tej kategorii nakłada na prokuratora lub sąd obowiązki określone w art. 316 § 1 k.p.k. Przepis ten stanowi, że w sytuacji gdy czynności śledztwa nie będzie można powtórzyć na rozprawie, należy podejrzanego, pokrzywdzonego i ich przedstawicieli ustawowych, a obrońcę i pełnomocnika, jeżeli są już w sprawie ustanowieni, dopuścić do udziału w czynności, chyba że zachodzi niebezpieczeństwo utraty lub zniekształcenia dowodu w razie zwłoki. Przekładając to na język nieprawniczy stwierdzić należy, że przepis ten pozwala, aby przy wyjęciu zwłok z grobu, oprócz prokuratora, policjantów, biegłego, inspektora sanitarnego czy pracowników cmentarza wykopujących trumnę ze zwłokami, obecni byli również członkowie rodziny zmarłego.
Dla prokuratorów ekshumacja to często rodzaj ultima ratio i dlatego w praktyce niezwykle rzadko sięgają po uprawnienie jakie daje im art. 210 k.p.k. W odbiorze społecznym czynność ta, ze zrozumiałych względów, nie zawsze budzi aprobatę i zrozumienie. Trzeba jednak podkreślić, że czasami jest to konieczne, aby cele postępowania karnego określone w art. 2 § 1 k.p.k. zostały urzeczywistnione.
