Niestety taka argumentacja nie znalazła akceptacji organów podatkowych. Urząd i izba skarbowa zgodnie stwierdziły, że w przypadku, gdy infrastruktura na związek zarówno z obiektami budownictwa mieszkaniowego, jak i innym, to część związaną z budownictwem mieszkaniowym należy opodatkować 7-proc. stawką VAT, a wobec pozostałej części zastosować stawkę 22-proc. W rezultacie tego spółka wniosła skargę do sądu. W jej opinii z zasad, o których mówi PKWiU można wywnioskować, że usługa powinna zostać sklasyfikowana jako całość. Biorąc pod uwagę kryterium większościowe należało przyjąć, że skoro 80% prac obejmuje infrastrukturę mającą związek z budownictwem mieszkaniowym, to całość jest związana z infrastrukturą towarzyszącą budownictwu mieszkaniowemu.
Wojewódzki Sąd Administracyjny, a w ślad za nim Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że decyzja fiskusa była błędna. W opinii sądów nie ma podstaw, aby wyodrębniać poszczególne prace wykonane przez spółkę i stosować do nich różne stawki podatku. Jeśli usługa ma charakter budowlano-montażowy, związany celami mieszkaniowymi oraz infrastrukturą towarzyszącą, możliwe jest zastosowanie 7% VAT w odniesieniu do całości robót. Przepisy, jak uwypuklił sąd, nie określają, jak powinien wyglądać związek robót z infrastrukturą towarzyszącą budownictwu mieszkaniowemu, aby podatnik mógł skorzystać z preferencyjnego opodatkowania. Dlatego też zasadnym jest uznać, że dopuszczalny jest każdy związek, o ile infrastruktura, której dotyczyły prace służyła w większości celom mieszkaniowym. Tak było w tym przypadku, a więc wykonawca mógł zastosować do całości usług 7% stawkę VAT.
W świetle obowiązującej aktualnie ustawy o podatku od towarów i usług 7% stawkę VAT stosuje się do dostawy, budowy, remontu, modernizacji, termomodernizacji lub przebudowy obiektów budowlanych lub ich części zaliczonych do budownictwa objętego społecznym programem mieszkaniowym. Ponadto, w oparciu o § 5 ust. 1a pkt 1 rozporządzenia w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o VAT, można ją także zastosować do robót budowlano-montażowych oraz remontów i robót konserwacyjnych dotyczących obiektów budownictwa mieszkaniowego lub ich części, z wyłączeniem lokali użytkowych, oraz lokali mieszkalnych w budynkach niemieszkalnych sklasyfikowanych w Polskiej Klasyfikacji Obiektów Budowlanych w dziale 12, a także obiektów sklasyfikowanych w Polskiej Klasyfikacji Obiektów Budowlanych w klasie ex 1264 – wyłącznie budynki instytucji ochrony zdrowia świadczących usługi zakwaterowania z opieką lekarską i pielęgniarską, zwłaszcza dla ludzi starszych i niepełnosprawnych, w zakresie, w jakim roboty takie nie są objęte tą stawką na podstawie art. 41 ust. 12 – 12c ustawy o VAT. Jednakże ani art. 41 ust. 12 – 12c ustawy o VAT, ani przepisy rozporządzenia wykonawczego nie daje podatnikom możliwości zastosowania obniżonej stawki na roboty budowlane związane z infrastrukturą towarzyszącą budownictwu mieszkaniowemu- są one, zatem opodatkowane 22-proc. podatkiem VAT.
