Hiszpania i Włochy nie tylko nie przystąpiły do wzmocnionej współpracy na tym polu, ale wręcz wniosły do Trybunału Sprawiedliwości UE skargi kwestionujące legalność tej współpracy. W Polsce szczególnie ostra reakcja nastąpiła ze strony środowiska rzeczników patentowych. Rzecznicy zarzucili tej regulacji m.in. brak możliwości zapewnienia zrównoważonego rozwoju gospodarczego państw członkowskich oraz brak minimalnego zabezpieczenia uzasadnionych interesów polskich przedsiębiorców, zwłaszcza małych i średnich. Ze strony przeciwników pakietu patentowego płyną ostrzeżenia, że zaprojektowane rozwiązania uprzywilejowują gospodarki i podmioty z państw dysponujących silnym potencjałem rozwoju technologicznego oraz znaczącymi środkami na badania i rozwój, natomiast dyskryminują podmioty z państw takich jak Polska, dysponujących znacznie skromniejszym zasobem środków, publicznych i prywatnych na badania i rozwój.
Przeciwnicy JPE kwestionują również wartość automatycznych tłumaczeń. Rzecznicy patentowi powołują się w szczególności na zasadę prawa patentowego, zgodnie z którą prawa wyłączne przyznawane są w zamian za należyte ujawnienie wynalazków w języku obowiązującym na danym terytorium. Rzecznicy wskazują, że publikacja w języku obcym nie zapewnia realizacji tej zasady, a przewidywane środki zaradcze takie jak tłumaczenia automatyczne czy obowiązek przedłożenia tłumaczenia ręcznego dopiero w razie sporu o naruszenie patentu uznają za niewystarczające, tym bardziej że tłumaczenia nie będą miały mocy prawnej.
W odpowiedzi na ten argument zwolennicy JPE wskazują, że dostępność informacji patentowej w języku angielskim nie może być postrzegana jako ograniczenie możliwości korzystania z takiej informacji. Zwyczajowo bowiem w nauce i badaniach korzysta się przede wszystkim z języka angielskiego.
Co więcej, entuzjaści JPE wskazują, że przedsiębiorcy działający zarówno w kraju jak i za granicą i tak muszą sprawdzać jakie patenty obowiązują na rynku. Już teraz eksporterzy na bieżąco sprawdzają, jakie patenty obowiązują poza granicami Polski. Jednolity system patentowy zapewni też przedsiębiorcom narzędzie w postaci bazy patentów w całej UE, w której szybko i bezpłatnie sprawdzą informację patentową.