Protokół nie może być zastąpiony żadną inną formą dokumentacji procesowej, np. notatką urzędową, której wartość dowodowa jest niższa. W szczególności nie jest dopuszczalne zastępowanie go notatką urzędową.
Zgodnie z treścią art. 143 Kodeksu postępowania karnego, spisania protokołu wymagają takie czynności jak:
• przyjęcie ustnego zawiadomienia o przestępstwie, wniosku o ściganie i jego cofnięcie,
• przesłuchanie oskarżonego, świadka, biegłego i kuratora,
• dokonanie oględzin,
• dokonanie otwarcia zwłok oraz wyjęcie zwłok z grobu,
• przeprowadzenie eksperymentu, konfrontacji oraz okazania,
• przeszukanie osoby, miejsca, rzeczy i systemu informatycznego oraz zatrzymanie rzeczy i danych informatycznych,
• otwarcie korespondencji i przesyłki oraz odtworzenie utrwalonych zapisów,
• zaznajomienie podejrzanego z materiałami zebranymi w postępowaniu przygotowawczym,
• przyjęcie poręczenia,
• przebieg posiedzenia sądu, jeżeli stawią się na nim uprawnione osoby albo ich obecność jest obowiązkowa,
• przebieg rozprawy.
Z innych czynności spisuje się protokół, jeżeli przepis szczególny tego wymaga albo przeprowadzający czynność uzna to za potrzebne. W innych wypadkach można ograniczyć się do sporządzenia notatki urzędowej. Protokół rozprawy spisuje aplikant lub pracownik sekretariatu. Protokół może też spisać asesor sądowy, jeżeli nie należy do składu orzekającego. Od osoby przybranej, która nie jest pracownikiem organu prowadzącego postępowanie, odbiera się przyrzeczenie następującej treści: "Przyrzekam uroczyście, że powierzone mi obowiązki protokolanta wykonam sumiennie". Jeżeli czynność procesową utrwala się za pomocą stenogramu, protokół można ograniczyć do zapisu najbardziej istotnych oświadczeń osób biorących w niej udział. Stenograf przekłada stenogram na pismo zwykłe, przy czym czyni wzmiankę, jakim posługiwał się systemem; pierwopis stenogramu oraz jego przekład stają się załącznikami do protokołu. Przebieg czynności protokołowanych może być utrwalony ponadto za pomocą urządzenia rejestrującego obraz lub dźwięk, o czym należy przed uruchomieniem urządzenia uprzedzić osoby uczestniczące w czynności.
